冷庫的鼠害會造成巨大的經濟損失，它不僅咬食肉品，污染食品，且能傳播疫病，破壞冷庫的隔熱結構，損壞建筑設施。由于被老鼠咬破電線而引起冷庫火災的報道也時有耳聞。故應經常檢查，發現鼠害立即采取滅鼠措施。
      鼠類由周圍環境潛入冷庫，有時與食品一同進入，因此應設法使冷庫周圍地區沒有老鼠。在接收物品時，應仔細檢查，特別是帶有外包裝的食品，更應仔細檢查，以免把鼠類帶進冷庫內。目前，冷庫內常用的滅鼠方法有器械捕鼠、化學藥物滅鼠和CO2氣體滅鼠。
     （1）器械捕鼠用鼠夾或用電子捕鼠儀器。有一種電子捕鼠器，是用220V電壓為電源，有三根輸出電線，經電子設備產生可控制1500V電壓，三根單線各能延長1000m,分別安置三個方向，可以同時捕鼠。老鼠接觸后即斃，同時發出命中信號，命中率100%。
     （2）化學藥物滅鼠效果較好的是敵鼠鈉鹽滅鼠。敵鼠鈉鹽的配方是先將藥物用開水溶化成5%溶液，然后按0.025%~0.05%濃度與食餌混勻即成。此外，國外還介紹一種廣譜滅鼠劑“Vacor”,老鼠吃進少量后8h內就死亡，而其他動物、鳥類誤食后無毒。
     （3）CO2氣體滅鼠因CO2無毒，在使用時不用搬開食品，但對操作人員有窒息作用，因此操作時人員要帶上O2呼吸器。CO2滅鼠，不但無毒，而且效果顯著。做法是：1m3的庫房空間用濃度25%的CO20.7kg，或用濃度35%的CO20.5kg,緊閉庫門24h即可達到徹底滅鼠的目的。同時CO2 也具有滅菌的性能，庫內溫度和食品的堆放皆不需要改變，省時省力。